Durant toute la préhistoire jusqu’au 2e s. av. J.-C., après la transgression marine, un cordon littoral se met peu à peu en place isolant la laguneUne lagune est une étendue d’eau saumâtre, séparée de la mer par un cordon littoral. La communication avec des eaux lagunaires et la mer peut se faire par la nappe phréatique ou par des ouvertures dans le cordon littoral appelées graus. de la mer. Le cordon sableux installé entre deux pointements rocheux, le Mont Saint-Clair et le volcan du Mont Saint-Loup, s’est formé grâce à la dérive littoraleLa dérive littorale est le phénomène de déplacement du sable par les vagues, le vent et le courant le long du rivage. Toutefois ce cordon reste fragile. En effet, des graus permettent aux eaux marines de pénétrer dans la lagune.
Durant cette période, les activités humaines s’intensifient. Agriculture, défrichements, activités minières détériorent les sols favorisant ainsi les alluvionnements et le colmatage des parties basses. Ainsi, le colmatage sédimentaire de la lagune du Bagnas et de la vallée de l'Hérault s’accélère.
